Największym "skarbem" kościoła franciszkańskiego jest słynący łaskami Obraz Matki Bożej Wejherowskiej Uzdrowicielki na Duszy i Ciele, prawdopodobnie autorstwa XVII wiecznego artysty Andrzeja Stecha. Na obrazie Matka Boża w lewej ręce trzyma Dzieciątko Jezus, w prawej złote berło. Twarz Maryi ma wyraziste rysy młodej, pięknej damy. Jej prawe ucho, ozdobione kolczykiem, jest odsłonięte tak, jakby słuchała próśb wiernych. Stopy Maryi, okryte sandałami, depczą węża, wijącego się na kuli ziemskiej. Obok stóp, widoczny jest złoty róg półksiężyca z ludzką twarzą. Dzieciątko Jezus w lewej rączce trzyma błękitne jabłko królewskie, w prawej czerwoną różę. Obraz jest opisany w kronice klasztoru wejherowskiego pod datą 20 czerwca 1654 r. Zachowały się też dokumenty, z których wynika, że papież Pius IX udzielił w dniu 6 czerwca 1862 r. odpustu zupełnego wszystkim odwiedzającym kościół św. Anny w czasie Świąt Narodzenia, Zwiastowania, Oczyszczenia i Wniebowzięcia, co spowodowało później rozwój kultu maryjnego. Liczne vota umieszczone obok Obrazu Matki Bożej Wejherowskiej-Uzdrowienia Chorych na Duszy i Ciele, świadczą o wdzięczności wiernych za wysłuchanie ich próśb, a Wejherowo nazywane "Kaszubską Jerozolimą", ale także "Kaszubskim Lourdes" staje się coraz bardziej znanym celem wielu pielgrzymek.
W 1974 r. przed obrazem Matki Bożej Wejherowskiej w charakterze pielgrzyma modlił się Ks. Prymas Kardynał Stefan Wyszyński. 11 lutego 1987 r. podczas uroczystej Mszy św. w święto wspomnienia Najświętszej Marii Panny z Lourdes, 17 grup czcicieli Matki Bożej Wejherowskiej złożyło prośbę o koronację obrazu koronami papieskimi i od tego momentu 11-tego każdego miesiąca wierni gromadzą się przed ołtarzem Maryjnym w Kościele Klasztornym. Liczne vota umieszczone obok obrazu, świadczą o wdzięczności wiernych za wysłuchanie Jej próśb. Obraz Matki Bożej Wejherowskiej został ukoronowany 5 czerwca 1999 r. przez Ojca Świętego Jana Pawła II w czasie Mszy św. na sopockim hipodromie. Przypadki uzdrowień
Co do przypadków uzdrowień, jest ich wiele, ale danych o personaliach tych osób z wielu względów się nie upublicznia. Jednym z potwierdzonych przypadków uzdrowień jest m.in. franciszkanin o. Ireneusz z wejherowskiego klasztoru - rodowity wejherowianin. Najbardziej wzruszającym uzdrowieniem, o którym pisała "Gwiazda Morza", jest uzdrowienie, które wyprosił mieszkający w Gdańsku sparaliżowany ojciec dla swojej córki chorej na białaczkę. Gdy zaszła ona w ciążę białaczka przybrała jeszcze ostrzejszy przebieg. Lekarze sugerowali usunięcie ciąży, bo ich zdaniem zagrożone było życie matki i dziecka. Ciężarna zdecydowała się jednak na donoszenie ciąży i urodziła zdrowe dziecko, lecz mocno podupadła na zdrowiu. Sparaliżowany ojciec złożył wtedy postanowienie, że każdego 11. dnia miesiąca będzie obecny na mszy św. w wejherowskim sanktuarium. Po roku wypełniania tego postanowienia córka została w pełni uzdrowiona. Obecnie mieszka w Niemczech.

Kolejnym przypadkiem jest uzdrowienie kobiety chorej na raka z guzem macicy wielkości mandarynki. Chora mieszkała we Francji. Zaś jej mama mieszkająca w Szczecinie przyjechała z pielgrzymką do Wejherowa właśnie w dniu 11 lutego 2000 roku modląc się o jej zdrowie, bo w tym dniu córka miała być poddana operacji. W tym czasie, gdy w sanktuarium modlono się o jej zdrowie, we francuskim szpitalu trwała operacja. Na stole operacyjnym ku zdumieniu lekarzy okazało się, że tego dużego guza, który wcześniej był wielokrotnie zdiagnozowany podczas badań lekarskich, już po prostu nie ma. Kobieta jest w pełni zdrowa.
Innym wzruszającym uzdrowieniem jest przypadek określany jako "Pan życie dał, Pan zabrał". Do wejherowskiego sanktuarium przyszedł list wejherowianki mieszkającej w Warszawie, która prosiła o zdrowie dla swojego męża chorego na raka i o dar potomstwa dla córki będącej 20 lat w małżeństwie. Ojciec Gwardian odpisał, że modlitwa w tej intencji będzie odprawiana i poprosił o informację, co będzie działo się dalej. Za pół roku przyszedł list, że niestety mąż chory na raka zmarł, ale córka, która przyjechała na pogrzeb ojca powiedziała, że zaszła w ciążę. Potem urodziła zdrową córeczkę o imieniu Maja.
To zaledwie kilka z licznych świadectw łask wymodlonych przed Cudownym |